З інтеграцією України, в умовах глобалізації, в світову економічну систему пріоритетним стає забезпечення економічної безпеки держави, що характеризується здатністю національної економіки до протистояння дестабілізуючій дії чинників, що створюють загрозу збалансованості структури зовнішньої торгівлі, та здатністю до забезпечення конкурентоспроможності національної економіки у світовій системі господарювання. Викликані глобалізацією та зростанням торгівлі нові пріоритети в діяльності митних органів: забезпечення безпеки міжнародної торгівлі та боротьби з підробками, потребують вдосконалення системи організації митного контролю та митного оформлення

Інтеграційно обумовлені перспективи розвитку митної справи в Європейському Союзі та країнах-претендентах на членство в Союзі визначені системою цілей Митних прототипів, яка включає: розвинуту службу інформаційних і комунікаційних технологій; систематичну ідентифікацію митних ризиків; механізм спрощення митних процедур; ефективність митного огляду як однієї з основних форм митного контролю; гарантування достовірної митної оцінки; розвинуту и керовану систему митних лабораторій.